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1904年湖廣總督張之洞向日訂製「湖鵬」等四艘魚雷艇、「楚泰」等六艘淺水砲艦，兩江總督陳光燾亦向日訂購「江元」等四艘淺水砲艦。至於「肇和」級等二艘巡洋艦、「豫章」級等三艘驅逐艦、「永豐」級等多艘砲艦及江南製造局、福州船政局建造之國產兵船如「永績」級、「聯鯨」等多艘皆為在清末時訂購、民元時交船。一到進入民國時期，不但訂造新船全面停頓，連清代已下訂者亦取消多艘。
在1895到1911年間中國最重大的涉外事件莫過於由義和團引發的八國聯軍，中方習慣稱之為「庚子事變」，西方則稱之為「拳匪之亂」(The Boxer Rebellion)。由美、英、法、德、日、義、奧、俄等列強組成的八國聯軍在德將瓦德西元帥的率領下攻破北京城，慈禧太后化裝成村婦逃出，避居西安近兩年時間。庚子事變與之前歷次涉外事件不同的是，清廷有正式對外宣戰，而且是對全世界宣戰，所以戰敗賠償也是天價。
(圖說: 對全世界宣戰的慈禧太后，這是她對外發佈的官方正式照片。慈禧之所以想要依賴義和團將外國勢力逐出中國，與之前列強逼迫她退位讓光緒親政有關。誰知義和團所謂的「刀槍不入」根本是一場騙局，從此慈禧對這些怪力亂神倒盡胃口，庚子事變之後開始對西方親近。)
特殊的是在庚子事變中大清海軍並未參與戰役，除了在天津大沽船塢五艘驅逐艦被聯軍俘虜朋分外基本上沒有損失，之所以有這樣的情況很重要的就是「東南自保」運動。所謂「東南自保」是兩江總督劉坤一等地方大員不贊同北京的對外宣戰政策，為保住東南精華地區的生機，向各國駐上海總領事表達與北京不同步調的宣示。所以聯軍的攻勢完全集中在華北，在華東與華南雙方有默契互不侵犯，大清海軍的生機因此得到保全，否則必然遭到全殲的命運。(如上圖，大清帝國水師艦艇與西方列強軍艦並泊在上海黃浦江，似乎北方的戰事與他們無關。)
後世歷史都對劉坤一的「東南自保運動」讚譽有加，認為保住了中國的一線生機，但是「東南自保」也開啟了南北分裂的惡例。民國之後北京政府的號令往往無法及於東南，政治人物以各種煽動的口號為理由另立山頭對抗北京中央成為慣例，孫文的廣東軍政府就是一個典型的例子。海軍也身不由己的在這種大環境下分裂成四支互相對抗的派別，這是民國之後中國海軍的基本格局。
經過庚子事變的刺激，大清帝國由上到下都一改過去排斥西方的態度，積極投入國際社會，海軍也經常遠航訪問國外港口，原來在戊戌政變後成為禁忌的維新變革現在也成為朝議的話題，甚至計畫要實施立憲內閣制。值得一提的是雖然經歷幾次戰爭賠款，但中國的特色是只要和平來臨，恢復的速度就很快，整個國家朝向正向發展，但隨著辛亥革命爆發，大清帝國覆亡，中國進入軍閥割據內戰不休的時代，一切又成為泡影。
1909年清廷成立籌辦海軍事務處，派載洵為提督、薩鎮冰為籌辦海軍大臣，將南北洋艦隊統一收歸中央，成立巡洋與長江兩艦隊。1910年籌辦海軍事務處改制為海軍部，任命載洵為海軍大臣，重新擬定海軍官制，並赴歐美日考察及訂購多艘軍艦，甲午戰後的中國海軍似乎將重振聲威，但1911年辛亥革命爆發，清廷覆亡後一切都成為泡影。
清朝從1862年開始建設現代海軍到1911年辛亥革命清廷覆亡正好半個世紀，我們的歷史課本常以負面的角度來看清朝的海軍，不過不要忘了，清朝的艦隊曾經打過中國「唯二」的兩次大艦隊決戰:中法馬江之役與中日黃海大海戰，雖然最後都以慘敗結局，但建設海軍仍是當年朝廷追求現代化的象徵。進入民國後內戰不絕，艦隊建設停頓，海軍地位更低，成為陸軍軍閥的裝飾品了。
總計清代自建艦艇52艘:內福州船政局造39艘、上海江南製造局造13艘，外購艦艇85艘:計向英購26艘、向德購42艘(含普魯士1艘)、向日購14艘、向美購2艘、向法購1艘。
以下將1895年甲午戰役後海軍重建之各艦依完工順序介紹，以1911年底前成軍者為準，至於清朝時代訂造至民國後方交船者則列在民國廳中介紹。
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